Neben vielen Ähnlichkeiten der beiden Techniken gibt es auch zentrale Unterschiede im prozessgeschehen und der methodischen Struktur z.B. im Tempo, Art und Struktur der Augenbewegungen, der Gesamteinbettung in einen therapeutischen Prozess und im Protokoll der Technik. In der Fortbildung wird EMI ausführlich trainiert und eingeübt. EMDR wird in Abgrenzung dazu vorgestellt und in einer Demonstration kennengelernt.
Beide Protokolle werden für die ressourcenaktivierende Arbeit trainiert und Ideen zur Einbettung in Therapieprozesse diskutiert. EMI wird auch als Bearbeitungstechnik für Probleme und schwierige Lebenssituationen eingeübt.